Priorytetowe działania w zakresie ochrony przyrody koncentrują się na odbudowie i zachowaniu różnorodności biologicznej oraz ekosystemów.

Kluczowe inicjatywy obejmują:​

1. Odbudowę zdegradowanych siedlisk przyrodniczych – do 2030 roku planuje się przywrócenie co najmniej 30% siedlisk przyrodniczych ze stanu złego do dobrego, do 2040 roku – 60%, a do 2050 roku – 90%. Szczególny nacisk kładziony jest na obszary sieci Natura 2000;
2. Rewitalizację torfowisk – zakłada się odbudowę co najmniej 30% osuszonych torfowisk do 2030 roku, 40% do 2040 roku i 50% do 2050 roku;
3. Udrażnianie korytarzy ekologicznych – działania mają na celu przywracanie ciągłości korytarzy ekologicznych o znaczeniu krajowym i międzynarodowym, co jest istotne dla migracji i rozmnażania wielu gatunków;
4. Ochronę różnorodności biologicznej – wspierane są inicjatywy mające na celu ochronę rodzimych gatunków oraz różnorodności geologicznej, zwłaszcza na obszarach innych niż Natura 2000;
5. Edukację ekologiczną i promowanie ekoturystyki – inwestycje obejmują rozwój ośrodków edukacji ekologicznej oraz promowanie form ochrony przyrody i ekoturystyki, aby zwiększyć świadomość społeczną na temat znaczenia ochrony środowiska.

Wymienione obszary są zgodne z ogólnym unijnym programem działań w zakresie środowiska do 2030 roku, który podkreśla znaczenie ochrony, zachowania i poprawy kapitału naturalnego Unii Europejskiej.

Projekt przyrodniczy powinien skupiać się na działaniach zmierzających do zachowania w niezmienionym lub optymalnym stanie przyrody ożywionej i nieożywionej, a także krajobrazu, gdyż głównym celem ochrony przyrody jest utrzymanie stabilności ekosystemów i procesów ekologicznych oraz zachowanie różnorodności biologicznej, zarówno na poziomie gatunkowym, genetycznym jak i siedliskowym oraz zapobieganie degradacji środowiska naturalnego.

• Zaleca się, aby już na etapie tworzenia ogólnych założeń projektu skonsultować jego zakres z organami ochrony środowiska:  Generalną Dyrekcją Ochrony Środowiska, Regionalną Dyrekcja Ochrony Środowiska. Takie podejście pozwala na ustalenie zasadności planowanych działań oraz zwiększa szanse na późniejsze zatwierdzenie/pozytywna opinię programu/projektu przez GDOŚ.  
• Projekt powinien być zgodny  z obowiązującymi krajowymi i regionalnymi przepisami i dokumentami planistycznymi.
• Przygotowując projekt z zakresu ochrony gatunków, należy zwrócić uwagę na kilka kluczowych elementów, aby zapewnić jego skuteczność i zgodność  z obowiązującymi przepisami: strategiami ochrony różnorodności biologicznej oraz innymi dokumentami planistycznymi, takimi jak plany ochrony obszarów chronionych, czy programy ochrony gatunków.
• Należy bazować na aktualnych danych empirycznych: wykorzystane w projekcie dane powinny być aktualne, najlepiej nie starsze niż 10-15 lat (określone w warunkach naboru). Dotyczy to zarówno badań terenowych, jak i literatury fachowej.
• Projekt musi mieć pozytywną opinię służb odpowiedzialnych za ochronę przyrody – zasadność realizacji projektu powinna być potwierdzona przez właściwego Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska, Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska lub radę naukową parku narodowego, w zależności od obszaru realizacji projektu (krajowy/regionalny).  
• Należy przygotować kompleksowy plan realizacji projektu:należy opracować szczegółowy plan działań, uwzględniający zdiagnozowane zagrożenia, określić cele, metody, efekty działań,
  • harmonogram oraz realny (dobrze oszacowany) budżet projektu,
  • plan powinien być zgodny z wytycznymi określonymi w ogłoszeniu o konkursie lub naborze wniosków.
• Zaangażować odpowiednich ekspertów – ważne jest, aby w zespole projektowym znaleźli się specjaliści z dziedziny objętej projektem, posiadający doświadczenie w realizacji podobnych przedsięwzięć.
• Posiadać odpowiednie zabezpieczenie finansowania – należy zapewnić odpowiednie środki finansowe na realizację projektu, zarówno ze źródeł własnych, jak i zewnętrznych, takich jak fundusze unijne czy krajowe programy wsparcia.  
• Uwzględnić w projekcie zadania związane z edukacją i zaangażowaniem społeczności lokalnej – włączenie lokalnych społeczności w działania projektowe oraz prowadzenie działań edukacyjnych zwiększa akceptację i skuteczność realizowanych przedsięwzięć.

Uwzględnienie powyższych aspektów w procesie przygotowywania projektu zwiększa szanse na jego skuteczną realizację oraz osiągnięcie zamierzonych celów ochronnych.

Korzystanie z powyższych źródeł pozwala na uzyskanie aktualnych i rzetelnych informacji dotyczących gatunków i siedlisk wymagających ochrony oraz metod ich ochrony.

Skuteczna ochrona in-situ wymaga kompleksowego podejścia, uwzględniającego zarówno aspekty ekologiczne, jak i społeczne oraz ekonomiczne. Kluczowe jest dostosowanie metod ochrony do specyfiki danego gatunku oraz jego siedliska, a także zapewnienie odpowiedniego wsparcia finansowego i legislacyjnego dla realizowanych działań.

Ochrona in-situ polega na zabezpieczaniu gatunków zagrożonych w ich naturalnym środowisku. Aby osiągnąć najlepsze rezultaty w ochronie takich gatunków, stosuje się różnorodne narzędzia i metody, dostosowane do specyfiki danego ekosystemu oraz potrzeb konkretnych gatunków. Poniżej najważniejsze z nich:​

1. Tworzenie i zarządzanie obszarami chronionymi (parki narodowe i rezerwaty przyrody, obszary Natura 2000).
2. Ochrona siedlisk i ekosystemów (renaturyzacja: przywracanie zdegradowanych siedlisk do ich naturalnego stanu, co sprzyja odtworzeniu populacji zagrożonych gatunków; kontrola gatunków inwazyjnych: eliminacja lub ograniczanie liczebności gatunków obcych, które zagrażają rodzimym gatunkom poprzez konkurencję, drapieżnictwo lub wprowadzanie chorób).
3. Ochrona czynna (zabiegi ochronne: aktywne działania mające na celu poprawę warunków bytowania gatunków, np. koszenie łąk, regulacja poziomu wód, tworzenie sztucznych/zastępczych siedlisk: budowa budek lęgowych, oczek wodnych czy schronień dla gatunków, które utraciły swoje naturalne miejsca bytowania).

4. Monitoring i badania naukowe (inwentaryzacja przyrodnicza: monitorowanie stanu populacji gatunków zagrożonych oraz ich siedlisk pozwala na ocenę skuteczności działań ochronnych i dokonanie niezbędnych korekt; badania naukowe: badania nad biologią i ekologią gatunków zagrożonych dostarczają wiedzy niezbędnej do opracowywania skutecznych strategii ochrony).
5. Edukacja i zaangażowanie społeczne (programy edukacyjne: podnoszenie świadomości społecznej na temat znaczenia ochrony bioróżnorodności oraz zagrożeń dla gatunków poprzez kampanie informacyjne, warsztaty i szkolenia; współpraca
   z lokalnymi społecznościami: angażowanie mieszkańców w działania ochronne, co zwiększa akceptację i skuteczność podejmowanych działań).
6. Współpraca międzynarodowa (projekty transgraniczne: współpraca między krajami w zakresie ochrony gatunków migrujących lub występujących na obszarach przygranicznych;
7. Wymiana doświadczeń: dzielenie się wiedzą  i najlepszymi praktykami w zakresie ochrony przyrody na forum krajowym i międzynarodowym.

Skuteczne monitorowanie i ocena efektywności działań ochrony przyrody finansowanych ze środków unijnych są kluczowe dla zapewnienia, że środki te przyczyniają się do realnej poprawy stanu środowiska.

Zalecenia dotyczące tego procesu:​

• Ustalanie jasnych celów i wskaźników

Każdy projekt powinien rozpoczynać się od precyzyjnego określenia celów oraz wskaźników sukcesu. Wskaźniki te mogą obejmować zarówno parametry ilościowe (np. liczba odtworzonych siedlisk), jak i jakościowe (np. poprawa stanu ochrony gatunków). Jasno zdefiniowane cele ułatwiają późniejszą ocenę skuteczności działań.

• Regularny monitoring przyrody

Systematyczne obserwacje i oceny stanu różnorodności biologicznej oraz krajobrazowej są niezbędne. Monitoring powinien obejmować zarówno gatunki, jak i siedliska przyrodnicze, ze szczególnym uwzględnieniem tych o znaczeniu priorytetowym. Zgodnie z art. 112 ust. 2 ustawy o ochronie przyrody, monitoring przyrodniczy polega na obserwacji i ocenie stanu oraz zachodzących zmian w składnikach różnorodności biologicznej i krajobrazowej, a także na ocenie skuteczności stosowanych metod ochrony przyrody.

• Ocena skuteczności metod ochrony

Ważne jest nie tylko monitorowanie stanu przyrody, ale także ocena efektywności stosowanych metod ochrony. Analiza ta pozwala na identyfikację działań przynoszących najlepsze rezultaty oraz tych, które wymagają modyfikacji.

• Wykorzystanie wyników monitoringu do raportowania

Dane z monitoringu są podstawą do sprawozdawczości wobec instytucji unijnych, takich jak Komisja Europejska. Regularne raportowanie umożliwia ocenę postępów w realizacji celów ochrony przyrody na poziomie krajowym i europejskim.

• Współpraca z ekspertami i interesariuszami

Zaangażowanie naukowców, organizacji pozarządowych oraz lokalnych społeczności w proces monitoringu  i oceny zwiększa wiarygodność i akceptację wyników. Współpraca ta pozwala również na wymianę doświadczeń i najlepszych praktyk.

• Adaptacyjne zarządzanie projektami

Na podstawie wyników monitoringu i ocen efektywności należy wprowadzać niezbędne korekty w realizowanych działaniach. Takie adaptacyjne podejście pozwala na bieżąco dostosowywać strategie ochrony do zmieniających się warunków i uzyskiwanych rezultatów.

• Transparentność i komunikacja wyników

Publiczne udostępnianie wyników monitoringu oraz ocen efektywności działań zwiększa transparentność  i buduje zaufanie społeczne. Może to również inspirować inne podmioty do podejmowania podobnych inicjatyw.

Implementacja powyższych zaleceń przyczyni się do skuteczniejszego monitorowania i oceny efektywności działań ochrony przyrody finansowanych ze środków unijnych, co w konsekwencji zapewni lepszą ochronę różnorodności biologicznej i zasobów naturalnych.